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1846年7月，医院迁入麦家圈新院舍，因院址坐落于山东路，俗称山东路医院（Shantung Road Hospital），亦称“仁济医馆”。1952年11月29日，经华东军政委员会卫生部批准，医院由上海第二医学院接管成为其附属医院。随后于1966年和1972年分别更名为上海第二医学院附属工农兵医院、上海第二医学院附属第三人民医院。

跨越三个世纪，历经180个春秋，仁济医院创造了无数中国和世界医学史上的传奇天博体育官方平台入口，全国首家护校、国内首个骨科病房、中国第一台人工心肺机、首例针刺麻醉下心内直视手术等，都诞生于仁济医院。医院培养了一大批仁心仁术、勇于创新的医学人才，如：中国内科学奠基人黄铭新，中国外科学奠基人兰锡纯，中国第一批工程院院士、中国消化病学奠基人江绍基……他们为西医在中国的发展立下了一座座里程碑。

在数字化方面，仁济医院坚持数字赋能发展，“便捷就医服务”七大场景已全部落地天博体育官方平台入口，在全市最早实现医疗费用脱卡线上支付，已与全市9个区51家养老机构签约建设云诊室，“互联网医院+养老院”创新模式覆盖超过1.9万张床位；在人才培养方面，2014年，在仁济医院成立的上海—渥太华联合医学院，开创了临床医学专业本科教学国际化改革先例；2019年与法国医学科学院和斯特拉斯堡大学医学院合作共建“中法外科学院”，标志着医学教育国际化再进一步。